Chromosoom-browser

Chromosoom-browser, een inleiding

Een chromosoombrowser is een hulpmiddel dat een visuele weergave van een of meer chromosomen biedt. Bij autosomale DNA-testen wordt de term chromosoom-browser gebruikt om een hulpmiddel te beschrijven waarmee de gebruiker een vergelijking kan maken tussen een of meer overeenkomsten om te zien hoeveel DNA de gedeelde gebruiker gemeenschappelijk heeft gedeeld. De browser biedt een grafische weergave van de half identieke segmenten die worden gedeeld met de overeenkomst of overeenkomsten op elk afzonderlijk chromosoom. De overeenkomsten kunnen op het chromosoom van de vader of de moeder liggen, maar de chromosoombrowser kan geen onderscheid maken tussen de twee. Sommige chromosoom-browsers stellen de gebruiker in staat volledig identieke gebieden te bekijken – segmenten van het chromosoom die identiek zijn op zowel het maternale als het vaderlijke chromosoom.

Y-chromosoom-browser

ISOGG heeft een menselijke Y-chromosoom-browser die bekend staat als YBrowse en die kan worden gebruikt om SNP’s in verschillende regio’s van het Y-chromosoom te onderzoeken. YBrowse is gebaseerd op Human Genome Versie 38 (hg38; Genome Reference Consortium GRCh38). De browser wordt onderhouden door Thomas Krahn. Het is natuurlijk ook mogelijk om Y-chromosomen van volgende generatie sequentiedata te verkennen met behulp van een van de vele beschikbare genoombrowsers

Genome-Wide Comparison

Een chromosoombrowser wordt momenteel geleverd met de Family Finder-test van Family Tree DNA en met de functie DNA-verwanten van de 23andMe-test. De 23andMe chromosoombrowser staat bekend als de familie-overerving: geavanceerde tool. 23andMe biedt ook een chromosoombrowser met de functie Genome-Wide Comparison. Deze tool is te vinden onder Familie en vrienden / familietoetsen. Met de Genome-Wide Comparison kunnen gebruikers ook zien of ze volledig identieke regio’s delen met hun overeenkomsten. De Amerikaanse klanten van 23andMe zijn in 2016 overgeschakeld naar de nieuwe 23andMe. In de nieuwe versie van DNA Relatives staat de chromosoombrowser bekend als de DNA View. In de DNA View kunnen gebruikers momenteel nog niet volledig identieke regio’s zien.. Een chromosoom-browser wordt ook geboden door de gratis externe websites GEDmatch en DNA.Land. De GedMatch-browser heeft ook de mogelijkheid om volledig identieke genoomregio’s te bekijken.

GEDmatch

GEDmatch bestaat sinds 2010, met als hoofddoel om “amateur en professionele onderzoekers en genealogen” te helpen. GEDmatch is opgericht door Curtis Rogers, een gepensioneerde zakenman en John Olson. een transport ingenieur, GEDmatch-gebruikers konden hun autosomale DNA-testgegevens gratis uploaden afkomstig van diverse commerciële DNA-bedrijven, met of zonder een GEDCOM- bestand, om potentiële familieleden te identificeren die ook hun profiel hadden geüpload Het voordeel van GEDmatch is dat men de DNA-profielen van diverse providers kan invoeren. Niet al;tijd zijn de te vergelijken DNA-profielen altijd van een zelfde provider afkomstig. De beschikbare hulpmiddelen op de GEDmatch-site omvatten sorteerresultaten op basis van de overeenkomsten die het dichtst bij het autosomale DNA van de gebruiker liggen, of de matches overeenkomen met die van anderen, de genetische afstandscalculator, het geschatte aantal generaties voor een gemeenschappelijke voorouder, of de ouders aan elkaar gerelateerd zijn en de etniciteitscalculator. Deze tools maken geen onbewerkte genetische gegevens bekend aan andere gebruikers. Gedmatch wordt momenteel veelvuldig door de politie gebruikt. In december 2018 verklaarden politiediensten in de Verenigde Staten dat ze, met de hulp van GEDmatch en genetische genealogie, in het jaar 2018 verdachten hadden kunnen vinden in een totaal van 28 gevallen van verkrachting en verkrachting. De eerder genoemde Family Tree DNA wordt thans ook door de FBI, toe om DNA-profielen te uploaden van delicten om koude misdaden op te lossen.